Binnen het Timotheus Project zijn er verschillende project/onderzoeksgroepen actief die op intuïtief-energetische manier onderzoek doen rond een bepaald samenlevingsthema. Deze groepen komen regelmatig samen om onderzoek te doen, te publiceren en nieuwe initiatieven te nemen binnen en buiten Timotheus.

Op dit ogenblik zijn volgende Projectgroepen actief: Ster – Sterven, rouwen en bewust leven, Psycho-ecologie, Opvoeding en Onderwijs, Dementie, Stressvrijer leven, Kunst en creativiteit, Vrouw zijn in deze tijd en Project Hope.

In opstartfase: Autisme en Geld.